สำนักงานขนส่งจังหวัดนครปฐม เปิดดำเนินการเพื่อบริการประชาชน เมื่อ ปี พ.ศ. 2507 เป็นแห่งที่ 4 ของสำนักงานขนส่งทั่วประเทศที่เปิดดำเนินการ (ปี พ.ศ.2504 จันทบุรี เพชรบุรีและนครสวรรค์, ปี พ.ศ.2505 อุบลราชธานี อุดรธานี สงขลาและเชียงใหม่, ปี พ.ศ.2506 เปิดที่จังหวัดนครราชสีมา) โดยเปิดอาคารจากภาคเอกชน เป็นที่ทำการ เมื่อปี พ.ศ. 2529 ได้รับบริจาคที่ดินจากภาคเอกชน เพื่อก่อสร้างอาคารที่ทำการ จำนวน 4 ไร่ 2 งาน ได้รับงบประมาณ เพื่อก่อสร้างอาคาร 2 ชั้น พร้อมโรงตรวจสภาพรถ ทำพิธีเปิด เมื่อวันที่ 16 เมษายน 2531
ต่อมาปี พ.ศ. 2536 ได้รับบริจาคที่ดินเพิ่มเติม จำนวน 4 ไร่ เพื่อก่อสร้างอาคารทะเบียนรถยนต์ เป็นอาคาร 3 ชั้น เปิดดำเนินการเมื่อปี พ.ศ. 2538 รวมทั้งได้ก่อสร้างสนามทดสอบขับรถ โดยได้ขอรับการสนับสนุนงบประมาณจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดและภาคเอกชน จำนวน 350,000 บาท
สำนักงานขนส่งจังหวัดนครปฐมกรมการขนส่งทางบก